Meklenburgai buvo ir tebėra veisiami šiaurės rytiniame Vokietijos Meklenburgo regione – nuo to ir kilo veislės pavadinimas. Kadangi taip buvo paklausiausia, prieš Antrąjį Pasaulinį karą Meklenburgai veisti kaip universalūs žirgai – transportui, kavalerijai ir žemės ūkiui. Veisimu paprastai užsiėmė privatūs žirgynai, priklausę įvairiems didikams. Pagal dokumentus, veisti daugiausia „rytietiško“ tipo žirgai – vietiniai arkliai su arabų ar Turkomanų žirgų įtaka. Žinoma, kad buvo įlieta ir anglų grynakraujų kraujo.
1810 metais buvo įkurtas Karališkasis žirgynas, kuriame laikyta kumelių banda ir veisliniai eržilai. Žirgai pradėti intensyviai kryžminti su čia pat augintais anglų grynakraujais, ir tai atsiliepė jų sveikatai ir gyvenimo trukmei. Norint tai ištaisyti, įlieta darbinių arklių kraujo. Tai visiškai nepasiteisino – palikuoniai prarado įprastinę Meklenburgų išvaizdą. Idant atkurti harmoningai sudėto kinkomojo arklio eksterjerą, buvo nupirkta Hanoverio žirgų – dėl intensyvių veislių mainų šiandien šios dvi veislės panašios.
Vis dėlto, atsiradus šaunamajam ginklui ir kitai modernesnei technikai, kavalerijos žirgų paklausa tuojau pat krito. Panašiai atsitiko ir su transportu – visuotinė mechanizacija ir puošniau atrodantys žirgai, tinkantys pasirodymams, išstūmė Meklenburgus. Žemės ūkis, kas be ko, taipogi tapo mechanizuotas.
Nuo 1970 Meklenburgai imti veisti kaip sportiniai žirgai. Tai atletiški, stambesni už anglų grynakraujus gyvūnai. Siekiama veisti geros sveikatos, vaisingus ir stabilaus bei gyvo charakterio arklius. Visi veislės atstovai žymimi M raidės formos su stilizuota karūna įdagais.
Šiandien visame pasaulyje žinomi konkūriniai žirgai – Antik (Azarro), Chacco-Blue (Chambertin), Luisa and Lady Like (Lord Kemm), Royal Beach Farao ir Galan (Golden Miller) – taipogi Meklenburgai.