Groningeno arklių kilmė bendra su fryzų ir holšteino arkliais: XVII-XVIII amžiais vietiniai ūkio arkliai ir viduramžiški jojamieji žirgai kryžminti su populiariais Ispaniškais, Neapolio ir arabų žirgais. Taipogi panaudoti ir klivlendo bėriai, idant arklio ūgis atitiktų šių dienų standartus. Nors selekcija vyko ilgus metus, veislės knyga atsirado tik XIX-XX amžių sandūroje. Arkliai atrinkti pagal ūkio paklausą iš kur jie kilo: pavyzdžiui, Gelderlande žemė buvo smėlingesnė, lengviau ariama, tad tų vietų arkliai buvo lengvesnio sudėjimo. Groningeno ūkių žemės buvo molingos, klampios ir sunkios. Vis dėlto, tuo pačiu buvo tikimasi išveisti gerą darbinį arklį, bet pakankamai elegantišką traukti karietas.
Pasaulinių karų laikotarpiu sunkiųjų arklių veisimas sustojo ir tapo nebepaklausus, todėl veisėjams teko prisitaikyti prie naujos rinkos. Įsikūrė KWPN kilmės knyga, imti veisti genderlanderiai ir įvairūs sportiniai žirgai. Visi Groningeno eržilai prarado veisimo licenzijas, o kumelės galėjo būti veistos tik su kitų veislių arkliais. Groningeno veislė buvo pasmerkta išnykimui.
1978 metais paskutinysis Groningeno eržilas vardu Baldewijn buvo išgelbėtas nuo mėsininko peilio. Grupelė veisėjų entuziastų ėmė kergti jį su savo dvidešimčia turimų kumelių, tikėdamiesi atkurti veislę. Vėliau jie suformavo ir privačią asociaciją, vėliau pripažintą EU ir kitų instancijų. Veislei atkurti panaudoti ir rytų Fryzai, holšteinai, rytų Vokietijos jojamieji arkliai bei Klivlendo bėrių eržilas. Šiandien yra 25 licenzijuoti Groningeno eržilai ir apie 400 kumelių.
Groningeno standartai reikalauja tinkamo sudėjimo arklio: tvirto, „keturkampio“ kūno, raumeningo sprando. Kojos turi būti lygios pusei kūno aukščio. Šių žirgų žingsnis platus, greitas, riščia – gyva, „ekonomiška“, šuoliai pakankamos kokybės, kadangi veisėjams tai buvo neaktualu. Groningenai žinomi dėl savo ramaus temperamento, rimto požiūrio į darbą, todėl jie puikiai tinka būti šeimos žirgais. Vis dėlto, daug šios veislės žirgų puikiai pasirodo ir išjodinėjime.