Manoma, kad Konemaros ponius iš Skandinavijos su savimi atsigabeno vikingai. Kitoje legendoje sakoma, kad apie 1588 metus traukdamiesi iš Ispanų Armados galeonai paliko čia andalūzų žirgų. Šie susikryžmino su vietiniais arkliais ir taip atsirado Konemaros poniai.

Atšiaurios žemės padarė šiuos arklius ištvermingais ir stipriais. Siekiant pagerinti veislės savybes, apie 1700 metus buvo įlieta arabų žirgų kraujo. Konemaros poniai taip pat buvo kryžminti su Hakniais ir anglų grynakraujais. Toks intensyvus kryžminimas sumenkino veislės skiriamuosius bruožus, todėl buvo pradėti veislės išsaugojimo darbai.

Šiandien Konemaros poniai populiarūs visame pasaulyje. Jais jodinėti mėgsta vaikai ir suaugusieji, tai puikūs išjodinėjimo, konkūro, važiavimo kinkiniais žirgai.