Kiso poniai Japonijoje gyvena jau daugiau nei tūkstantį metų ir praeityje buvo nepakeičiami pagalbininkai ūkiuose. Tiksli Kiso arklių(kaip ir kitų senų japoniškų arklių veislių) kilmė nežinoma. Manoma, kad jie kilo iš Centrinės Azijos plokščiakalnių ar Mongolų stepių arklių. 
Japonai arklius naudojo kariuomenėje, žemės ūkyje bei kaip transporto priemonę.

Pažymima, kad XII a. samurajus Yashinaka Kiso turėjo 10 000 raitininkų. Edo epochoje (1600-1867) šios veislės arklių taipogi nemažėjo – jie buvo labai paklausūs kariuomenėje. Vėliau, Meiji periodu (1868-1903), Japonija kariavo prieš kelias kitas valstybes. Kadangi Kiso žirgai buvo gan nedidelio ūgio, buvo nuspręsta juos kryžminti su didesniais vakarietiškais arkliais, taip suteikiant jiems norimų savybių. XXa, II pasaulinio karo metu, imta vykdyti grynakraujų Kiso eržilų kastravimo programa. Kadangi šios veislės arkliai buvo laikomi geriausiai kariuomenei tinkamais, beveik visi grynaveisliai arkliai buvo iškastruoti.

Kiso arkliai šiandien egzistuoja tik vieno arklio dėka – Shinto giraitėje buvo laikomas šventas žirgas, kuris nebuvo iškastruotas. Šis žirgas, vardu Shinmei, ir kumelė Kayama 1951 metais atvedė paskutinį grynaveislį Kiso, vardu Dai-san Haruyama. Veislė vėliau buvo atgaivinta kryžminant Dai-san Haruyama palikuonis ir kitus daugmaž grynaveislius Kiso arklius.

Kiso poniai savo išvaizda panašūs į Prževalskio ir Mongolų arklius. Kai kurie turi juostą išilgai nugaros, o tai dažnai būna veislės grynumo nustatymo kriterijumi.