Tai sena ir reta Japonijos arklių veislė. Manoma, kad į Hokaidō salą jie atkeliavo kartu su vietiniais žvejais, kurie kėlėsi iš kitos didžiausios šalies salos Honshū Edo periodu (1600-1867). Žmonės ten keliavo žvejoti silkių, ir arklius atsigabeno kaip transporto priemonę, tačiau rudenį žvejybos sezonui pasibaigus paliko juos likimo valiai. Poniai savarankiškai turėdavo peržiemoti saloje, kurioje buvo labai mažai žalumos, išskyrus bambuko žolę kalnuose. Žvejai pavasarį grįždavo ir susigaudydavo išgyvenusius arklius, atsigabendavo naujų. Taip natūraliomis sąlygomis išgyveno ištvermingiausi ir mažiausiai reiklūs gyvūnai.

Manoma, kad Hokaido poniai kilo iš Nanbu arklio, veisto Hoshū saloje. XIX amžiuje Nanbu arkliai dėl militaristinių reikmių smarkiai kryžminti su kitomis veislėmis, ir šiandien jau išnykę.