Manoma, kad Skiro salos Graikijoje poniai atsirado iš V-VIII amžiuje prieš mūsų erą iš Atėnų kolonistų atgabentų arklių.
Skiro poniai ilgą laiką gyveno pusiau laukinėse bandose pietinėje salos pusėje, nors pavieniai individai būdavo gaudomi ir jaukinami vietinių žemdirbių. XX a. antrojoje pusėje, įsigalėjus agrikultūrinei mechanizacijai, iškilo opus ponių veislės išlikimo klausimas. Jų nebereikėjo žemės ūkio darbams, arklių skaičių mažino ir tose pat vietose gyvenę laukiniai asilai – jie kryžmindavosi tarpusavyje, ir grynaveislių ponių skaičius mažėjo. Vėliau trumpą laiką veikė šių arklių veisimo programa, atkreipusi visuomenės dėmesį į nykstančią veislę.

1991 metais Skiro poniai buvo paskelbti kritiškai nykstančiais. 2001m. buvo suskaičiuoti 93 kumelės ir 52 eržilai.
Šios veislės poniai nepasižymi patrauklia išvaizda ar geru sudėjimu. Manoma, kad tai laukinio gyvenimo pasekmė, nes prijaukinti ir visavertį ėdalą gaunantys individai pasižymi geresne konformacija.